菏泽市妇幼保健院始建于1951年，1984年由菏泽市妇幼保健所更名为菏泽市妇幼保健院，现有干部职工125人，其中高级技术人员7人，中级职称42人，卫生技术人员占90％，业务用房3100平方米，1995年被命名为爱婴医院。
菏泽市妇幼保健院现设有17个科室，医疗、保健设施配套，用于临床的主要有X线机、激光治疗仪、微波手术治疗仪、胎儿监护仪、近红外线乳腺病诊断治疗仪、心电图机、超微量生化分析仪、一尿十一项分析仪、美国产半自动生化分析仪及产房、手术室等配套设备。保健科配有整套的宣传仪器及宣传资料。
菏泽市妇幼保健院主要开展婚前检查及产前保健、儿童保健、计划生育指导、不孕不育症等妇科病治疗及引产、接生、剖宫产等妇科手术。19的年4月成立了菏泽市儿童医院、菏泽市新生儿救治中心。
在当地政府和上级部门的支持下，积极筹措资金，配备先进医疗设备，购置了婴儿高压氧、保暖箱、微量注射泵、黄疽光疗仪、微量血糖仪、氧疗器、床边X线机、呼吸机、新生儿抢救台、心电监护仪、智力多动症测试仪等综合治疗设备。
由日本国立儿童医院 留学归国研究生、山东医科大学硕士研究生、新生儿遗传病专家、副主任医师马加室主持儿童医院的业务和行政管理工作，并聘请省、地直医院著人专家、教授为我院业务顾问，定期不定期到我院来进行讲座、 疑难病会诊及治疗工作。
菏泽市妇幼保健院现任领导班子是一个年富力强、开拓进取、团结奋斗、朝气勃勃地战斗集体，连续8年被地、市授予文明单位、先进集体。